El Museu d’Arqueologia de Catalunya forma part de l’Agència Catalana del Patrimoni Cultural i és un dels tres museus nacionals del Departament de Cultura de la Generalitat de Catalunya.
El MAC està format per cinc centres museístics: Barcelona (seu central de la institució), Empúries, Girona, Olèrdola i Ullastret.
A més, el MAC gestiona el Centre d’Arqueologia Subaquàtica de Catalunya (CASC), a Girona, el Centre de Recerca Iberia Graeca, a l'Escala i els Dipòsits Nacionals d'Arqueologia, a Cervera.